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　　故事紧接着第一集的结尾，金刚狼罗根为找回自己过去的记忆，离开X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心。与此同时，人类议会正忙于重建在变种人大战中受损的自由女神像，而万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。表面上，世界似乎渐渐恢复了正常，但X战警们并未察觉到新的阴谋正在悄然逼近。在普通人眼中，变种人代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁，他们必须在充满歧视和敌意的环境中挣扎求存。变异人总是因自己的强大而受到人类的戒心，尽管在第一集中，变异人在X教授的领导下，成功将万磁王打入冷宫，但仍未能得到社会的承认。